站在煤炭工業“十二五”及長遠發展戰略的高度，我國煤炭行業還面臨著諸多矛盾和問題：

一是煤炭資源保障程度低，資源供應面臨潛在風險。我國大型整裝煤田主要集中在晉陜蒙寧和新疆地區，其他大部分產煤地區資源賦存條件較差。煤炭資源開發越來越向晉陜蒙寧等西部地區集中，煤炭調出區與主要消費區的距離增加；原來一些煤炭調出省逐漸轉為煤炭調入省，全國煤炭安全穩定供應保障的難度加大。特別是要關注進入“十三五”以后，全國煤炭需求量在40億噸以上再逐年增長，在這種情況下的煤炭資源保障問題。

二是礦井數量多，產業布局趨同，非煤產值效益低，結構調整面臨挑戰。我國小型煤礦數量多，生產集中度低。目前全國30萬噸以下的小型煤礦有1.2萬多處，占全國煤礦總數的80％以上。開采深度增加，煤炭生產風險增加。目前全國已經有千米深井39處（其中，山東24處、江蘇5處、遼寧7處、河北2處、安徽1處），最深的達到1450米。煤礦深部開采面臨的沖擊地壓、地熱、高承壓水、瓦斯等自然災害與職業健康問題。在煤化工產業發展進程中，也存在“逢煤必化”、“以煤養化”、重復建設、產能過剩的問題

三是煤炭生產消費持續大幅增長，環境問題凸顯，生態環境約束強化。目前全國煤礦采空區土地塌陷累計達100萬公頃左右，每年新增采空區6萬公頃左右；煤矸石堆積占用大量土地，并造成嚴重土壤污染；二氧化硫、氮氧化物和有害重金屬排放不斷增加，酸雨面積達120萬平方公里。由于我國持續快速的煤炭消費增長，溫室氣體排放居高不下，面臨著更加嚴峻的國際社會輿論壓力。